航運學院前身為1945年11月11日在廣東汕頭成立的廣東省立潮汕高級商船職業學校，1953年遷至湖北武昌三層樓，更名為武漢河運學校，1978年更名為武漢河運?？茖W校，設有船舶駕駛、輪機管理、水運管理和無線電通訊等4個系，共有10余個專業。

1992年9月，武漢河運?？茖W校與武漢水運工程學院合并，更名為“武漢水運工程學院航運學院”。1994年4月，武漢水運工程學院更名為武漢交通科技大學。2000年5月8日，武漢工業大學、武漢交通科技大學和武漢汽車工業大學合并組建武漢理工大學，航運學院成為武漢理工大學所屬的23個教學單位之一。